Michelhausen war schon in der Karolingischen Ostmark kirchlicher Mittelpunkt
der Ländereien, die das Kloster St. Emmeran aus Regensburg besaß.
Schon 1256 wurde Michelhausen eine selbständige Pfarre. 1328
wird erstmals ein Pfarrer in der Chronik erwähnt.
Der
älteste Teil der Kirche ist der Turm, der aus dem Mittelalter
stammt. Im Jahre 1710 kam eine Muttergottesstatue vom Dominikanerinnenkloster
aus Tulln nach Michelhausen. Michelhausen wurde ein vielbesuchter
Wallfahrtsort. 1712 wurde die Marienkapelle und 1734 die Johanneskapelle
angebaut. Nach einem Brand im Jahre 1781 begann man mit dem Wiederaufbau
im spätbarocken Stil. Die Kirche erhielt fünf Tonnengewölbe.
Alle Gewölbe und die Wände versah 1784 Josef de Mölck
mit Fresken. Der Hochaltar stammt aus einer aufgelassenen Klosterkirche
in St. Pölten.
Im
Jahre 1990 wurde das Pfarrzentrum saniert. 1992 und in den folgenden
Jahren wurde die Kirche außen und innen renoviert. 2005 wurde
die neue Orgel vom Diözesanbischof DDr. Klaus Küng geweiht.
Das
Fest der Pfarrpatrone Peter und Paul wird am 29. Juni gefeiert